三氯异氰脲酸属于消毒防腐药，在水中可水解生成有强氧化性的次氯酸，后者又可以放出活性氯和初生态氧，次氯酸的氧化作用和活性氯的氯化作用共同形成本品的消毒机理。其中次氯酸的氧化作用是最主要的消毒作用，次氯酸在水中以分子形式存在，由于不带电荷，其扩散、穿透细胞膜的速度比带电荷的次氯酸离子快。次氯酸作用于菌(毒)体蛋白，破坏其磷酸脱氢酶或与蛋白质发生氧化反应，致使细菌(病毒)死亡。初生态氧可氧化菌体蛋白而杀灭细菌(病毒)。活性氯直接作用于细菌(病毒)体蛋白质。形成氮-氯复合物，干扰细胞代谢，导致细菌(病毒)死亡。